Der Meisterkurs Dirigieren ergänzt seit 2016 das musikalische Konzept der Internationalen Sommerakademie. Neben den bereits traditionellen Meisterkursen für Violine, Violoncello und Klavier haben hier junge Nachwuchsdirigentinnen und –dirigenten die Möglichkeit, unter Anleitung des international gefragten Dozenten Johannes Schlaefli mit einem professionellen Orchester ein anspruchsvolles und abwechslungsreiches Konzertprogramm zu erarbeiten. Höhepunkt ist das Abschlusskonzert im großen Saal des Milchwerks.